Badatelna Státního okresního archivu České Budějovice slouží ke studiu archivního materiálu. Studium se řídí obecně platnými právními normami (zákon o archivnictví a související předpisy) a interním badatelským řádem. Kapacita badatelny je zhruba 20 míst, návštěvu badatelny není potřeba ohlašovat předem.

Studium archivního materiálu v badatelně je bezplatné. Badatelům jsou však podle sazebníku maximální výše úhrad nákladů spojených s poskytováním služeb veřejnými archivy účtovány některé úkony vykonávané archivem.

Upozornění pro zájemce o studium církevních fondů
Každý badatel, který chce nahlédnout do archivního fondu Biskupský archiv České Budějovice a fondů jednotlivých farních úřadů, se musí na začátku studia prokázat příslušným povolením českobudějovického biskupství. Tato povinnost se nevztahuje na studium fondů Boromejky České Budějovice, Bosí augustiniáni Lnáře, Bosí augustiniáni Tábor, Bratři Nejsvětější Svátosti Oltářní České Budějovice, Jezuité Český Krumlov, Minorité Český Krumlov, Premonstráti Želiv, Redemptoristé České Budějovice, Redemptoristé Libějovice, Servité Nové Hrady, Těšitelé Klokoty a Těšitelé Suché Vrbné.