Okresní archiv v Prachaticích vznikl na základě vládního nařízení č. 29/1954 Sb., o archivnictví ze dne 7. května 1954 v  průběhu roku 1955. Zpočátku spočívala práce okresního archiváře hlavně v  péči o materiální a technické zajištění archivu a ve snaze o urychlené soustředění archivních fondů okresní provenience. Po stránce hospodářské a personální byl okresní archiv zařízením tehdejšího Okresního národního výboru v Prachaticích. K podstatnému rozšíření archivu došlo v roce 1960 v souvislosti s územní reorganizací, kdy byl zrušen Okresní archiv ve Vimperku a veškeré fondy a sbírky převezeny do Prachatic. Po stránce odborné a metodické byl okresní archiv řízen archivním oddělením při Krajské správě ministerstva vnitra v Českých Budějovicích, po roce 1966 pak Státním archivem v Třeboni. Po roce 1990 pracoval Státní okresní archiv Prachatice jako odborné zařízení Okresního úřadu  v Prachaticích. Prováděná reforma veřejné správy přinesla na samém počátku nového desetiletí další podstatnou změnu:  státní okresní archivy se od 1. 8. 2002 staly součástmi (tj. vnitřními organizačními jednotkami) státních oblastních  archivů – v  případě Prachatic tedy Státního oblastního archivu v Třeboni.

Původním sídlem prachatického okresního archivu byla budova čp. 2, později se podařilo rozšiřující se archiv umístit i do prostor v čp. 164. V lednu 1958 byla po řadě jednání pro archiv získána budova čp. 43 na náměstí, depozitáře se však nacházely i v historické radniční budově (čp. 1). V původně měšťanském domě sídlil okresní archiv společně s celou řadou státních institucí po celých čtyřicet let. Prostorové a zejména pak ukládací podmínky však byly nevyhovující, od konce let sedmdesátých archiv z důvodu prostorové nedostatečnosti nepřebíral nové přírůstky. Ve druhé polovině 90. let bylo tedy záslužným činem vedení tehdejšího Okresního úřadu Prachatice zahájení přestavby bývalé polikliniky do podoby moderního, po všech stránkách provozně vyhovujícího archivního objektu. Stěhování archivních fondů a sbírek proběhlo v zimních měsících roku 1999 a od května 1999 zahájil Státní okresní archiv Prachatice činnost v nových prostorách.

Prvním okresním archivářem v Prachaticích se stal Ladislav Svatoš (1955). Po jeho odchodu byli do funkce okresních archivářů přijati Karel Bernas a jeho sestra Anna Staňková (1955 – 1957).

1. července 1957 nastoupil do Okresního archivu v Prachaticích absolvent Filozofické fakulty UK v Praze obor archivnictví – historie  PhDr. Václav Starý. Stanovenou dobu tříleté umístěnky více než desetinásobně překročil – v  prachatickém archivu odpracoval celých     38 let a 7 měsíců (1957, 1959-1993). Jeho nástupcem v čele archivu byl Mgr. František Kotěšovec (1993 – 1998). Od května 1998 až do prosince 2007 řídila archiv Mgr. Jana Koutná, která v lednu 2008 odešla na mateřskou dovolenou. Řízením Státního okresního archivu Prachatice byl pověřen  PhDr. Vlastimil Kolda  (leden  - červen  2008). Od  července 2008 řídí archiv Věra Vlková.

Úlohou státního okresního archivu je přejímat, ochraňovat a zpřístupňovat archiválie. Rozsah činnosti je dán zákonem  č. 499/2004 Sb.  o archivnictví a spisové službě a o změně některých zákonů, ve znění pozdějších předpisů, a vyhlášky č. 192/2009 Sb., kterou se provádějí některá ustanovení zákona o archivnictví a spisové službě. Spravuje část  národního archivního dědictví, přebírá  archiválie v rámci skartačního řízení, koná dohled nad vedením spisové služby u státních, samosprávných organizací, úřadů a právnických osob, zpřístupňuje (tj. třídí a inventarizuje) archivní fondy, věnuje se péči o badatele, spolupracuje s řadou odborných     a kulturních institucí, pořádá přednášky a pracuje na poli rozšiřování obecně historického vědomí.

Archivní fondy se člení na tyto skupiny:

 

  1. Státní a politická správa do roku 1945: okresní úřady I., okresní úřad II.
  2. Státní  finanční správa: berní úřady, důchodkové a kontrolní úřady, okresní finanční správy
  3. Soudnictví: okresní soudy, úřední soudy, okresní prokuratury, okresní státní zastupitelstva, veřejní notáři, státní notáři
  4. Územní samospráva obcí a okresů: okresní zastupitelstva, archivy měst, archivy obcí
  5. Národní výbory: okresní národní výbory, městské a místní národní výbory
  6. Cechy, živnostenská společenstva, obchodní grémia
  7. Výrobní podniky a instituce, hospodářské organizace: hospodářská družstva, lidová spotřební družstva,  jednotná zemědělská družstva, komunální služby, okresní stavební podniky
  8. Společnosti, spolky a společenské organizace
  9. Zdravotnické, sociální, pojišťovací a osvětové ústavy
  10. Školská správa a školy
  11. Církevní správa: římskokatolické vikariátní, děkanské a farní úřady
  12. Soukromé pozůstalosti, osobní fondy a depozita
  13. Sbírky soudobé dokumentace, sbírky fotografií, sbírky map a plánů

K   31.10.2011  pečoval Státní okresní archiv Prachatice  o 1734 archivních fondů a sbírek (celkem o 3 178 bm archiválií).

Součástí archivu je i archivní knihovna, která je budována postupně od roku 1957. Její základ tvoří různé právnické příručky a nařízení od století devatenáctého po současnost, základní odborná historická literatura, publikace z oboru pomocných věd historických a řada regionálních prací. Průběžně je knihovna doplňována o nové přírůstky, k 1.11.2011 obsahovala 7267 svazků.  Vyhledávání v knihovně usnadňuje neustále aktuální databáze.

Knihovna není veřejná  ve smyslu zákona č. 257/2001 Sb. Knihovní fond je určen především pro pracovníky  Archivu pro jejich odbornou činnost a dále návštěvníkům Archivu z řad badatelské veřejnosti.